爱沙尼亚是波罗的海的一个小国，人口仅一百多万，但由于其强劲的经济增长，其被誉为“波罗的海之虎”。爱沙尼亚在世界上经常与立陶宛和拉脱维亚并称为波罗的海三国，尽管如此，爱沙尼亚的语言却与这两个国家截然不同，它们分属于不同的语系。爱沙尼亚语属于乌拉尔语系，其与芬兰语属同一语系（同属于芬兰-乌戈尔语族）。这两个国家不仅语言相近，更奇特的是他们的国歌都共用一个曲子，只是歌词不同，这两个国家的亲密关系可见一斑。
爱沙尼亚人与芬兰人的祖先原先居住在乌拉尔地区，公元前年，亚欧大陆气候变冷，它们的祖先开始向欧洲大陆迁徙，最后到达波罗的海芬兰湾两岸，在北岸的一支成了后来的芬兰人，而南岸的一支则成为后来的爱沙尼亚人。（在欧洲，他们还有另一个远亲，那就是现在的匈牙利人。匈牙利人的祖先直到7世纪才随匈奴人离开乌拉尔地区，他们最后定居在多瑙河中游平原。）
由于芬兰湾距离欧洲文明中心较远，他们在公元9世纪依然处在原始社会，被基督教国家视为“未开化的土地”。公元11世纪，欧洲在教皇的倡导下发起了“十字*东征”，去征服那些被异教徒占领的地区和“未开化”的土地。
公元13世纪，北方骑士团（宝剑骑士团）占领了爱沙尼亚，爱沙尼亚人从此皈依了基督教。此后这块土地又先后被普鲁士、丹麦、瑞典、波兰统治。由于这些统治者在爱沙尼亚都未能形成长久的统治，致使他们的语言没有对爱沙尼亚语造成实质性的影响。在与这些统治者相处的过程中，爱沙尼亚人逐渐形成了自己的文字，公元16世纪，爱沙尼亚语书写体系成型。
16世纪的欧洲正开展轰轰烈烈的宗教改革运动，北欧国家全部加入了新教。宗教改革后，芬兰主教阿格里科拉出版了他翻译的芬兰语《圣经》。芬兰语《圣经》的出版也对爱沙尼亚语产生了很大的影响，极大地推动了爱沙尼亚语的发展。
公元17世纪，瑞典击败波兰，夺取了包括爱沙尼亚在内的波罗的海东岸地区，至此，芬兰与爱沙尼亚都归于瑞典统治，这也使得芬兰与爱沙尼亚的交流更加密切，也更利于爱沙尼亚语的发展。
瑞典统治者为了加强基督教路德宗在爱沙尼亚人心中的地位，他们鼓励农民识字，并出版爱沙尼亚语的宗教书籍。瑞典神职人员在农村建立学校，教爱沙尼亚农民阅读和写作。
天主教教会有些人反对宗教改革，他们为了抗衡路德教派，在南爱沙尼亚出版了一些爱沙尼亚语的天主教书籍。17世纪中期，爱沙尼亚语《圣经》出版，《圣经》及书籍的出版极大地推动了爱沙尼亚语的标准化发展。
到了18世纪，瑞典在波罗的海的霸权面临着来自俄国的挑战。年，俄国和瑞典爆发了“大北方战争”，瑞典战败丧失了包括爱沙尼亚在内的大片芬兰湾沿岸的土地。年，俄国和瑞典再次爆发战争，俄国从瑞典手中夺取了芬兰。至此，芬兰和爱沙尼亚又同归于俄国统治。
俄国在占领爱沙尼亚后，开始全面推行俄语，到了19世纪后，爱沙尼亚语被禁用，俄语成为当地唯一被允许使用的语言。在俄国统治期间，爱沙尼亚语的发展受到极大的限制。
年，爱沙尼亚宣布摆脱沙俄统治独立，成立爱沙尼亚共和国。此后，爱沙尼亚语才又重回人们的日常生活。
年6月，苏联出兵爱沙尼亚。7月，成立爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国，成为苏联的一部分。在二战期间，爱沙尼亚因处于苏德之间，而饱受战争的摧残，其总人口才一百多万，就有二十多万死于战争。
由于爱沙尼亚在二战中倾向于支持德国，在二战后，苏联对爱沙尼亚进行“大换血”，把大批爱沙尼亚人迁移到遥远的西伯利亚，将俄国人迁入爱沙尼亚。爱沙尼亚人所占比例从原先的百分之九十降至百分之四十八。
年1月，爱沙尼亚通过法令将爱沙尼亚语定为官方语言。
年8月，爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛三个国家的多万民众，手拉手从爱沙尼亚首都塔林一直延伸到立陶宛首都维尔纽斯，连成公里的人链，他们以这样的方式要求重新建立独立的国家，史称“波罗的海之路”，这也是世界上最长的人链。
年8月，爱沙尼亚宣布独立。
4年3月，爱沙尼亚加入北约，5月加入欧盟。
